Microsatellite panels suggested for parentage testing in cattle: informativeness revealed in Finnish Ayrshire and Holstein-Friesian populations (Research Note)

Abstract

Kansainvälisen eläingenetiikan järjestö (ISAG) on ehdottanut mikrosatelliitti-DNA:han perustuvaa menetelmää yleisesti käytettäväksi nautojen polveutumisten varmistamisessa. Eri rotujen välillä esiintyvästä mikrosatelliittien polymorfian vaihtelusta johtuen ISAGin ehdottaman menetelmän tehokkuus vaihtelee rodun mukaan. Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli selvittää ehdotettujen vaihtoehtojen (11, 9 tai 6 lokusta) tehokkuus suomalaisten ayrshire- ja holstein-friisiläisrotujen väärien isyyksien paljastajana. Tulokset osoittavat yhdeksän rutiinitestaukseen tarkoitetun mikrosatelliitin paljastavan väärät isyydet ayrshirellä 99,84 %:n ja holstein-friisiläisellä 99,91 %:n varmuudella. Kahden lisätutkimuksiin tarkoitetun mikrosatelliitin lisäys nostaa vastaavat arvot 99,94 %:iin ayrshirellä ja 99,98 %:iin holstein-friisiläisellä. Kuuden mikrosatelliitin muodostaman menetelmän avulla voidaan väärät isyydet paljastaa 98,25 %:n todennäköisyydellä ayrshirellä ja 99,32 %:n todennäköisyydellä holstein-friisiläisellä. Vaikka edellä mainitut todennäköisyydet osoittavat, että väärät isyydet voidaan sulkea pois tehokkaasti, havaitsimme tietyissä yksittäisissä tapauksissa (esim. lokus SPS115) suhteellisen vähäistä polymorfiaa. Jos vastaavia tuloksia saadaan jatkossa myös muilla roduilla, tulisi kyseisten lokusten mahdollista vaihtoa harkita. Ongelmat korostuvat esim. tilanteissa, joissa emästä ei ole saatavissa näytettä.

Informativeness of eleven microsatellite markers suggested for parentage control in cattle by the International Society for Animal Genetics (ISAG) was studied in Finnish Ayrshire and Holstein-Friesian populations. Calculations were based on a sample of 100 non-sib artificial insemination bulls. Assuming one known parent the nine loci suggested for routine testing exhibited exclusion probabilities of 99.84% in the Ayrshires and 99.91% in the Holstein-Friesians. The addition of markers INRA23 and TGLA53, recommended for further investigations, increased the attained values to 99.94% in Ayrshires and to 99.98% in Holstein-Friesians. The recommended core set of six microsatellites provided a combined exclusion probability of 98.25% in Ayrshires and 99.32% in Holstein-Friesians. Although the combined values were high in general, a relatively low level of polymorphism was detected in some instances.