Comparison of different DNA extraction methods from hair root follicles to genotype Finnish Landrace boars with the Illumina PorcineSNP60 BeadChip

Viime aikoina uuden sukupolven sekvensointimenetelmät ovat mahdollistaneet useiden lajien koko genomin sekvensoinnin. Sekvenssitietoon perustuen on kehitetty genotyypityssiruja, joiden käyttö kuitenkin vaatii laadukasta DNA:ta. Perinteisesti DNA:n eristämiseen on käytetty veri-, sperma- tai kudosnäytteitä, joiden kerääminen kuitenkin on kallista, aikaa vievää ja stressaavaa eläimille. Karvanäytteitä on aiemmin käytetty yksittäisten geenimerkkien genotyypitykseen, mutta heikko DNA:n laatu on estänyt luotettavan sirugenotyypityksen karvanäytteistä. Mahdollisuus käyttää karvatupesta eristettyä DNA:ta sirutyypityksiin mahdollistaisi jo olemassa olevien näytteiden ja laajojen aineistojen genotyypityksen sirutekniikalla. Tässä tutkimuksessa olemme kehittäneet ja testanneet eri menetelmiä laadukkaan DNA:n eristämiseksi sikojen karvatupesta ja analysoitavaksi PorcineSNP60 Genotyping BeadChip-genotyypityssirulla (Illumina). Parhaan DNA konsentraation ja puhtauden antanut menetelmä valittiin 273n karvanäytteen analysointiin. Kun DNAn konsentraatio oli yli 30ng/µl, karvatupesta eristetty DNA tuotti sirugenotyypityksessä yhtä luotettavia tuloksia kuin spermasta eristetty DNA (onnistumisprosentti >99%). Tulokset myös todistavat PorcineSNP60-genotyypityssirun sopivuuden suomalaisen maatiaissikapopulaation analysointiin.