Assessment of genetic diversity using RAPD analysis in a germplasm collection of sea buckthorn

RAPD (Random amplified polymorphic DNA)-markkerien avulla kuvailtiin osaa tyrnin geenipankista, joka oli koottu jalostustarkoituksiin. Molekyylimarkkereita monistettiin 55 näytteestä, jotka edustivat viittä tyrnin (Hippophae rhamnoides L.) alalajia ja eri alalajien välisiä hybridejä. Kuudenkymmenenkolmen markkerin avulla laskettiin Dicen samankaltaisuus-kerroinmatriisi (Dice's similarity coefficient matrix) yksittäisten RAPD profiilien parittaisista vertailuista. Matriisiin perustuvien analyysien (UPGMA- and principal co-ordinate analyses) avulla kasvit jakautuivat ryhmiin, jotka vastaavat niiden taksonomista luokkaa ja maantieteellistä alkuperää. AMOVA-analyysi (analysis of molecular variance) todettiin käyttökelpoiseksi menetelmäksi arvioitaessa näytteiden taksonomisten ja maantieteellisten ryhmien välisiä ja sisäisiä geneettisen muuntelun osatekijöitä. Vaikka molemmista aineiston ryhmittelyvaihtoehdoista (taksonominen ja maantieteellinen alkuperä) paljastui ryhmien välistä muuntelua, pääosa molekyylivarianssista (arviolta 75 %) luettiin yhä ryhmien sisäisen muuntelun aiheuttamaksi. Yhteenvetona toteamme, että RAPD analyysi on käyttökelpoinen menetelmä tyrninäytteiden taksonomisen ja maantieteellisen alkuperän selvittämiseen.