Quantitative trait loci for egg quality and production in laying hens

Munijakanan koko genomin kartoitus tehtiin kananmunan laadun ja tuotannon vaihteluun vaikuttavien kromosomialueiden (QTL) selvittämiseksi. Kartoitus tehtiin F2-risteytyspopulaatiosta, jonka takana olevissa vanhempaislinjoissa munan laatu ja molekyyligeneettiset markkeerit olivat hyvin erilaisia. Linjat olivat MTT:ssä ylläpidetyt Rhode Island Red (RIR) ja valkoinen Leghorn (WL). Tutkimus on ensimmäinen munijalinjojen risteytyksestä tehty koko perimän kartoitus. Risteytys tehtiin vastavuoroisesti, jolloin pystyttiin analysoimaan sukupuolikromosomi Z ja yksilön vanhemman sukupuolesta johtuva vaikutus geenin ilmenemiseen (parent-of-origin-vaikutus). Molemmista linjoista valittiin neljä kukkoa ja neljä kanaa, jotka tuottivat F1-sukupolven, seuraava F2-sukupolvi koostui 305 kanasta. Munan laatu ja tuotanto mitattiin koko tuotantokauden ajalta (18-60 viikon iässä). Kaikkien kolmen sukupolven yksilöt genotyypitettiin 99 mikrosatelliitin suhteen. Geneettinen kytkentäkartta muodostettiin 13 autosomille ja Z-kromosomille, jotka kattoivat yhteensä 2311 cM (centi Morgan) (Handane). QTL-testit tehtiin regressioanalyysillä käyttämällä tilastollista mallia joka sisälsi myös dominanssin, parent-of-origin-vaikutuksen, geneettisen taustan ja kahden QTL:n tapauksen. Munanlaatu- ja tuotanto-ominaisuuksiin löydettiin useita QTL:iä. Mielenkiintoisimmat QTL-alueet sijaitsivat kromosomissa 4 vaikuttaen kanan ja munanpainoon ja kromosomissa Z vaikuttaen munanmäärään ja munan painoon. Kanan painoon vaikuttava QTL selitti noin 25 % F2-sukupolven vaihtelusta. Kromosomissa 2 löydettiin alue, joka vaikuttaa valkuaisen laatuun ja munan painoon. Hienokartoituksella ja takaisinristeytyspolven analysoinnilla saatiin tämä QTL-alue tarkennetuksi. Lisäanalyysit osoittivat, että tässä kromosomissa laatuun vaikuttavia QTL:iä oli kaksi. Takaisinristeytyspolvi muodostettiin risteyttämällä F2-sukupolven kanoja RIR- ja WL-kukkojen kanssa. Tulokset parent-of-origin-vaikutuksesta osoittivat, että sillä on merkitystä kummalta vanhemmalta QTL-alleeli on peritty. Kolme tällaista QTL-aluetta jotka vaikuttivat kananpainoon, sukukypsyysikään ja rehun syöntiin olivat ryppäänä kromosomissa 1. Tämä on ensimmäinen raportti lintulajien QTL:stä joissa on parent-of-origin-vaikutus tuotanto-ominaisuuksiin