Genetic polymorphism at RAPD loci in spring turnip rape (Brassica rapa ssp. oleifera)

Abstract

DNA:n muuntelua voidaan tutkia RAPD-menetelmällä (Random Amplified Polymorphic DNA), joka perustuu satunnaisten DNA-jaksojen monistamiseen polymeraasiketjureaktiossa (PCR). Monistuvien jaksojen lukumäärä ja koko riippuvat PCR:ssä käytetyn alukkeen (= oligonukleotidi) ja tutkittavan DNA:n yhteensopivuudesta. Polymorfisia RAPD-lokuksia voidaan käyttää markkereina. Tässä tutkimuksessa perehdyttiin RAPD-menetelmän käyttöedellytyksiin ja RAPD-lokusten polymorfiaan ristisiittoisella viljelykasvilla, kevätrypsillä. RAPD-kuvioiden toistettavuus oli hyvä, kun käytettiin suunnilleen samansuuruisia määriä tasalaatuisia DNA-näytteitä. Lajikkeiden välillä oli yleensä eroja vain polymorfisten lokusten alleelifrekvensseissä. Kuitenkin tutkimuksessa löytyi myös DNA-jaksoja, joita ei kaikista lajikkeista monistu lainkaan. Tällaisia lokuksia voitaisiin hyödyntää lajiketunnistuksessa. Kun käytetään nopeaa DNA:n eristystapaaja yhdistettyjä (kymmenestä eri kasvista) DNA-näytteitä, RAPD-menetelmän käyttökelpoisuus lajiketunnistuksessa paranee.

In this study we analyzed polymorphism at RAPD loci in an outbreeding species, spring turnip rape. The reproducibility of individual RAPD patterns was high when the DNA templates were of equal quality and quantity. It was possible to use both a rapid DNA extraction method and DNA extracted from a combined sample of ten individuals without losing any of the major fragments. When different cultivars were compared for RAPD pattern, most polymorphic loci exhibited differences only in allele frequency. However, we also found fragments which were amplified only from certain cultivars. It was concluded that RAPD markers provide a fast and reliable method for analyzing individuals and cultivars of turnip rape.