Piilevän tyvimädän tunnistaminen perunasta PCR-tekniikalla ja taudin torjuntamahdollisuudet

Ilmastoltaan viileissä maissa, kuten Suomessa, tyvimätää pelloilla aiheuttaa miltei ainoastaan Erwinia carotovora alalaji atroseptica (Eca). Varastossa mukuloiden märkämätää aiheuttaa yhdessä Eca:n kanssa E. carotovora alalaji carotovora (Ecc). Perunan tyvimädän torjunta on vaikeaa, koska käytettävissä ei ole kemiallisia aineita eikä taudinkestäviä lajikkeita. Lisäksi tyvimätäbakteerille on ominaista, että se voi kulkeutua siemenperunassa piilevänä aiheuttamatta mitään oireita, jolloin taudin havaitseminen tuotantoketjusta on vaikeaa. Tässä projektissa on tutkittu PCR-testimenetelmien soveltuvuutta piilevien tyvimätäkontaminaatioiden paljastamisessa. Kotimaisen geenialukkeen herkkyys oli 0,25 pg bakteeri-DNA:ta. Selektiiviseen bakteerin rikastamiseen perustuva bio-PCR -testimenetelmä soveltui hyvin piilevän infektion tunnistamiseen perunaeristä. Lajikkeiden välillä havaittiin merkittäviä eroja Erwinia-kestävyydessä. PCR-testaus tulisikin ensijassa keskittää alttiisiin lajikkeisiin. MTT:n Pohjois-Pohjanmaan tutkimusasemalta saaduissa kalsiumlannoitetuissa perunamukuloissa Erwinian mätäneminen oli hitaampaa kuin kontrolliperunoissa. Kalsiumlannoituksella voitaneen siten parantaa perunan kestävyyttä tyvimätäbakteeria vastaan.