Joessa elää kaksi luontodirektiivin nilviäislajia, jokihelmisimpukka (Margaritifera margaritifera) ja vuollejokisimpukka (Unio crassus). Lohikalojen, lohen (Salmo salar) ja taimenen (Salmo trutta), poikaset toimivat jokihelmisimpukan elinkierrossa väli-isäntinä simpukoiden toukille. Mustionjoen pääuoman jäljellä olevat virtavesialueet kartoitettiin vuonna 2010. Tämän työn tarkoituksena oli tarkemmin arvioida lohelle soveltuvien elinympäristöjen määrää ja laatua eri Mustionjoen virtaamilla. Työ toteutettiin kaksidimensionaaliseen virtausmallinnukseen liitetyllä habitaattimallinnuksella. Lähes kaikki Mustionjoen virtapaikat ovat lohenpoikasten preferenssiaineistoon verrattuna liian syviä. Muiden ympäristötekijöiden osalta kaikilta virtapaikoilta löytyi lohenpoikasten suosimaa habitaattia suhteellisen paljon. Tosin virrannopeuden ja syvyyden kannalta useilla alueilla sopivat alueet menivät ristiin: siellä missä virrannopeus oli sopivaa, syvyyttä oli liikaa ja toisaalta sopivilla syvyyksillä ranta-alueilla virrannopeus oli liian alhainen. Pohjan kivikoon suhteen kaikki mallinnetut alueet olivat hyviä. Tulosten avulla voidaan arvioida virta-alueiden soveltuvuutta nykytilassa sekä myös mahdollisten kalataloudellisten kunnostusten suunnittelun apuna.