Piilevän tyvimätätartunnan toteamiseen käytettävät PCR-menetelmät

Abstract

Tutkimuksessa kehitettiin kvantitatiivinen PCR-menetelmä perunan tyvi- ja märkämätää aiheuttavan bakteerin Erwinia carotovora subsp. atroseptica:n (Eca) piilevän tartunnan toteamiseen. Koska kvantitatiivinen PCR-menetelmä on kallis, kehitettiin näyteaineiston rajaamiseen BioPCR:ksi nimetty menetelmä. Se tunnistaa Erwinia-bakteerien kaksi alalajia, Eca:n ja Erwinia carotovora subsp. carotovora:n (Ecc). Tutkimuksen edetessä havaittiin Ecc-bakteerien yleisyys perunanäytteissä, ja kehitettiin molemmat Erwinia-alalajit samanaikaisesti tunnistava reaaliaikainen PCR-menetelmä. PCR-menetelmien kehittämiseen liittyi myös erilaisten näytteiden esikäsittelymenetelmien testaaminen ja vertailu. Menetelmät ovat osoittautuneet toimiviksi perunan tyvimätätutkimuksen työkaluiksi. Ne voivat tulevaisuudessa helpottaa tyvimätäongelman ratkaise-mista, jos niitä sovelletaan rutiinimenetelminä siemenperunan sertifiointitarkastuksissa.