Luke
Silmäile
Hakuohjeet

Jukuri

Tervetuloa käyttämään Jukuria, Luonnonvarakeskuksen (Luke) avointa julkaisuarkistoa. Jukurissa on tiedot Luken julkaisutuotannosta. Osa julkaisuista on vapaasti ladattavissa. Luken muodostaneiden tutkimuslaitosten aikaisemmasta julkaisutuotannosta osan tiedot ovat järjestelmässä jo nyt ja kattavuus paranee jatkuvasti.

Kokoelmat

Viimeksi tallennetut

  • Suomenlahden siikasaaliiden alkuperä
    Lappalainen, Antti; Kuningas, Sanna; Westerbom, Mats; Päivärinta, Petri
    Luonnonvara- ja biotalouden tutkimus : 56/2026 (Luonnonvarakeskus, 2026)
    Suomen rannikolta pyydetty siikasaalis on viimeisen vuosikymmenen (2016–2025) aikana ollut Suomenlahdella yleensä noin 90–100 tonnia vuodessa. Vaellussiian poikasten vähäisen luonnontuotannon lisäksi vaellussiikaa istutetaan Suomenlahteen vastakuoriutuneina sekä yksikesäisinä luonnonravintolammikoissa kasvatettuina poikasina. Itäisellä Suomenlahdella esiintyy myös merikutuista siikaa. Työn ensisijaisena tavoitteena oli selvittää Suomenlahden siikasaaliiden alkuperää ja erityisesti yksikesäisinä istutettujen poikasten merkitystä siikasaaliille. Saaliskalojen alkuperää selvitettiin otoliittien alkuainekoostumuksen perusteella. Menetelmällä on mahdollista saada tietoa kalojen ensimmäisen kesän olosuhteista. Lisäksi selvitettiin Kymijoen Langinkoskenhaaran luonnonpoikastuotantoa alitsariinivärjäykseen perustuvalla merkintä-takaisinpyyntimenetelmällä. Saalisnäytteistä (248 siikaa) tehtyjen otoliittianalyysien tulosten perusteella Suomenlahden vaellussikaasaaliit perustuvat lähes kokonaan yksikesäisten luonnonravintolammikoissa kasvatettujen poikasten istutuksiin. Kymijoen edustalta pyydetyssä saalisnäytteessä yksikesäisinä istutettujen osuus oli 92 %. Läntiseltä Suomenlahdelta saadussa pienemmässä saalisnäytteessä kaikki kalat olivat yksikesäisinä mereen istutettuja. Vaellussiian lisäksi itäisellä Suomenlahdella siikasaaliissa on myös merikutuista siikaa, jolla on paikallista merkitystä kalastukselle. Pyhtään ulkosaaristosta saadussa saalisnäytteessä yli neljäsosa kaloista oli merikutuista siikaa. Koko Suomenlahden siikasaaliista noin 90 % perustuu yksikesäisiin istukkaisiin. Vaellussiikaistutusten tuotto on tulosten perusteella ollut 2020-luvun alkupuolella suunnilleen samalla tasolla, noin 136 kg/1 000 yksikesäistä istukasta, kuin vuosikymmeniä aikaisemmin. Arvioihin liittyy epävarmuutta. Istutusten tuotossa ei siis näy samanlaista notkahdusta kuin on havaittu lohella ja meritaimenella. Edellytys nykyisen kaltaisen siiankalastuksen jatkumiselle on se, että yksikesäisten poikasten laajamittaista istutustoimintaa jatketaan tulevaisuudessakin. Tarvittavien yksikesäisten istukkaiden tuottaminen voi lähivuosina vaikeutua tuntuvasti. Yksikesäisten Kymijoen kantaa olevien istukkaiden tuotanto on ollut viime vuosina yhden pohjoisessa sijaitsevan kalanviljelylaitoksen emokalaparven tuottamien poikasten varassa. Istukkaiden tuotannon turvaamiseksi tulisi pikaisesti tehdä pysyväluotoinen ratkaisu, jonka osana olisi karanteenihautomotoiminnan käynnistäminen uudestaan itäisellä Suomenlahdella. Kymijoen Langinkoskenhaarassa on edelleen merkittävää vaellussiian luonnonpoikastuotantoa, vaikka vuonna 2024 saatu tulos, noin 1,5 miljoonaa kuoriutunutta poikasta, on vain kolmasosa edellisen, vuonna 1994 tehdyn arvion tuloksesta. Todennäköisesti nykyinen luonnonpoikastuotantokin on paljolti yksikesäisinä istutettujen emokalojen varassa. Itäisellä Suomenlahdella on mereen ja jokisuihin istutettu 2020-luvun alkupuolella vuosittain noin 3–6 miljoonaa vastakuoriutunutta vaellussiianpoikasta. Tämän työn tulosten perusteella vastakuoriutuneiden poikasten istutusten tulokset ovat olleet melko vaatimattomia. Vastakuoriutuneiden poikasten istutusten tuloksellisuutta ja istutusmenetelmiä tulisi kehittää, jolloin menetelmästä olisi pitkällä tähtäimellä mahdollista saada luonnonmukaisempi ja riskittömämpi menetelmä yksikesäisten poikasten istutustoiminnan rinnalle.
  • The use of acoustic deterrent devices to mitigate fishery-seal conflict at the scale of an entire coastal bay
    Lehtonen, Topi K.; Lehtonen, Esa; Lehmonen, Roope
    Fisheries research (Elsevier, 2026)
    Recovering seal populations are increasingly in conflict with aquaculture and fisheries. One potential approach to mitigate these conflicts is the use of seal deterrents, such as acoustic deterrent devices (ADDs). These devices are typically deployed near aquaculture pens or fishing gear where seal foraging is considered problematic. In the current multiyear study, we assessed the feasibility of creating a larger seal-restricted area by installing ADDs in narrow straits leading to a large (~40 km2) coastal bay. We found that fishers’ gillnets were subject to lower levels of seal-induced damage during years when ADDs were in use. However, seal-induced damage and seal sightings remained common within the bay even when the devices were operated. Catches of secondary target species seemed to respond positively to ADD deployment, whereas those of the main target species, the pikeperch (Sander lucioperca), did not significantly increase, suggesting a limited effect on the catches. Fishers’ perceptions of the use of ADDs varied but were generally positive. Overall, the results indicate that the tested approach provided only modest measurable benefits to the fishery within a large bay. One potential explanation to this finding is that the number of ADDs deployed may have been insufficient to more substantially limit seal movements into the area. The study also highlights the influence of local environmental conditions and other context-dependent factors on ADD effectiveness and the need for further research into the performance of different ADD configurations.
  • Using deregressed proofs to estimate multivariate variance components for traits originating from heterogeneous data sources
    Salaudeen, Ayo; Pitkänen, Timo; Kempe, Riitta; Koivula, Minna; Pösö, Jukka; Byskov, Kevin; Uimari, Pekka; Lidauer, Martin
    World Congress on Genetics Applied to Livestock Production Digital Archive : 1 (2026)
    The aim of this study was to investigate the use of deregressed proofs (DRP) for estimating variance components (VC) for traits originating from heterogeneous data sources. Including a Saved Feed index into total merit index (TMI) improves feed efficiency, but TMI weights may need adjustment to avoid undesirable correlated responses. Updating TMI weights requires multivariate VC estimates for the correlated traits. Estimating all VCs in a single analysis may not be feasible when traits differ in data structure, whereas using DRP could offer a practical alternative. The traits considered were grouped into two field datasets (DAT1 and DAT2) and a research-farm dataset (DAT3). DAT1 included milk yield (MY), protein yield (PY), fat yield (FY), cow carcass weight (CCW), cow carcass conformation (CCC), cow carcass fatness (CCF), stature (ST), and metabolic body weight (MBW); DAT2 included bull daily carcass gain (DCG), bull carcass conformation (BCC) and bull carcass fatness (BCF); and DAT3 included MY, PY, FY, MBW, dry matter intake (DMI), and body weight gain (BWG). Observations were from 18,757 cows, 45,514 bull calves and 898 cows for DAT1, DAT2, and DAT3, respectively. After pruning, pedigree sizes were 172,480 for DAT1 and DAT2, and 3,823 for DAT3. For each trait group, we ran a multivariate REML analysis using a repeatability animal model with trait-specific fixed and random effects. In the second part, DRPs were developed for the models used in part one. Reliabilities of breeding values (BVs) for animals with observations were used to derive multi-trait effective record contributions (ERC), which were then used to deregress the BVs with the Broyden method. To validate the use of DRPs in VC estimation, VCs were re-estimated by replacing phenotypic observations with DRPs and fitting a simple animal model with a general mean, a random animal effect, and ERC as weights. The originally estimated heritabilities from the field datasets (DAT1 and DAT2 ) MY, PY, FY, CCW, CCC, CCF, ST, MBW, DCG, BCC and BCF were 0.29±0.02, 0.20±0.02, 0.21±0.02, 0.46±0.03, 0.24±0.03, 0.27±0.02, 0.55±0.03, 0.65±0.03, 0.34±0.03, 0.19±0.02 and 0.20±0.02, and those from DAT3 for MY, PY, FY, MBW, DMI and BWG were 0.46±0.12, 0.28±0.11, 0.25±0.09, 0.84±0.11, 0.27±0.10, and 0.22±0.10, respectively. The heritability estimates and correlations obtained using DRPs were in good agreement with the original estimates when considering their standard errors. Differences between genetic correlations ranged from -0.09 to 0.09. Current results indicate that using DRPs can serve as an alternative for multivariate VC analysis when data sources are diverse, although some deviation from the original estimates should be expected.
  • Deriving covariance functions (CF) for Nordic Red dairy cattle yield evaluation model
    Pitkänen, Timo; Taskinen, Matti; Koivula, Minna; Pösö, Jukka; Kudinov, Andrei; Nielsen, Ulrik; Byskov, Kevin; Lidauer, Martin
    World Congress on Genetics Applied to Livestock Production Digital Archive : 1 (Iowa State University Digital Press, 2026)
    This study compares different covariance function (CF) structures regarding their fit to observed variance components and their effects on genomic estimated breeding values (GEBV) and validation outcomes. Parameter reduced CF have been utilized in the Nordic Red dairy cattle test-day model for production traits (9 traits, milk, protein, and fat for first three lactations) to reduce unknowns, smooth genetic variance curves, and decrease computational demand. For that model, applied CF were fitted separately to estimated variance-covariance matrices for genetic and non-hereditary effect, followed by a parameter reduction. Although the effect of applying parameter reduced CF on estimated breeding values has been studied, little is known about the effect on genomic prediction reliability. The base CF was derived similarly as that one used in the current Nordic test-day model, using a second-order Legendre polynomial combined with an exponential term (exp(-0.04d) on estimated variance components, and hereafter is named Legendre-Wilmink (LW) function (rank 36). The applied function was the same as used for estimating the original variance components. Two alternative CF were developed: a Wilmink function (rank 27) and a repeatability function (rank 9). CF dimensions were reduced by considering the largest eigenvalues explaining ≥99.5% of the variation. For LW, additional reductions considered 99.0, 98.0 or 97.0% of variance. Depending on function and variance retained, CF parameters for the genetic effect ranged from 5 to 20, and for non-hereditary effect from 6 to 25. The CF fit was assessed using Log Likelihood (LogL) values and daily heritability estimates, while the impact on GEBV was evaluated through linear regression (LR) method and correlations between yield deviations (YD) and GEBVs. Results indicated that considering even less variance (99.0 to 97.0%) for LW CF had only a minor effect on model fit (LogL), whereas applying the Wilmink or repeatability model caused more pronounced differences. Daily heritability estimates followed similar patterns: Wilmink produced slightly varying heritabilities across days compared to original values, while the repeatability model yielded a single heritability estimate for the entire lactation period. LR validation results, based on regression coefficients (b1 and coefficients of determination (R²), and correlations, showed that using the simpler functions when fitting CF is not the optimal choice for GEBV prediction accuracy. Validation results for milk yield showed that the repeatability model performed the weakest (b1 = 0.95, R² = 0.73), while the LW model CF that considered 99.5% of the variance achieved the best validation results (b1 = 0.98, R² = 0.78). Similar patterns were observed for protein and fat yields. Overall, parameter reduction within LW had negligible impact on reliability, but replacing LW with simpler CF structures compromised GEBV accuracy.
  • Precise determination of electron-capture Q value of Sn113 decay related to electron neutrino mass measurements
    Ge, Zhuang; Eronen, Tommi; Sevestrean, Vasile Alin; Niţescu, Ovidiu; Stoica, Sabin; Ramalho, Marlom; Suhonen, Jouni; Kankainen, Anu; Hukkanen, Marjut; Jaries, Arthur; Jokinen, Ari; Kostensalo, Joel; Kotila, Jenni; Mougeot, Maxime; Moore, Iain D.; Rattanasakuldilok, Wirunchana; Ruotsalainen, Jouni; Stryjczyk, Marek
    Physical review C : 3 (American Physical Society, 2026)