Geenimerkeillä tehokkuutta lajikejalostukseen - Tanhuanpää, Pirjo; Tenhola-Roininen, Teija (MTT, 2004)
Rukiin (Secale cereale L.) alustavan geenikartan laatimisessa käytettiin kaksoishaploidipopulaatiota, joka oli peräisin risteytyksestä kaksoishaploidien vanhempien, Amilo ja Voima, välillä. Kartta sisälsi yhteensä 61 geenimerkkiä: 37 mikrosatelliittia, yhden RAPD-, 11 IRAP- ja 12 REMAP-geenimerkkiä. Kaikki rukiin seitsemän kromosomia pystyttiin tunnistamaan ja kartan kokonaispituus oli 439 cM. Kartalta löytyi kolme tähkäidännänkestävyyteen vaikuttavaa aluetta. F2-populaatiota (EM-1 x Voima) ja bulkkianalyysiä käytettiin etsittäessä lyhytkortisuusgeeniin Ddw1 (dominant dwarf) liittyviä geenimerkkejä. Lä- himpänä Ddw1.geeniä kuitenkin sijaitsi beeta-amylaasigeeniin (tiedetään sijaitsevan lähellä lyhytkortisuusgeeniä) kehitetty SNP-merkki. Jos jalostaja käyttää SNP-merkkiä valitessaan lyhytkortisuuden suhteen homotsygootteja yksilöitä, tulee mukaan pitkiä yksilöitä 15 %. Geenimerkki on kuitenkin nopein ja yksinkertaisin tapa erottaa lyhytkortisuusgeenin suhteen homo- ja heterotsygootit yksilöt.

A preliminary linkage map of rye (Secale cereale L.) was constructed from a doubled haploid population from a cross between doubled haploid parents Voima and Amilo. The map contained 61 loci: 37 microsatellites, one RAPD, 11 IRAPs and 12 REMAPs. All seven linkage groups of rye were identified and the total map distance was 439 cM. Three QTL affecting pre-harvest sprouting were found. An F2 population (EM-1 x Voima) and bulked segregant analysis was used to search for DNA markers linked to the Ddw1 (Dominant dwarf) gene. The best marker for short straw was not, however, identified with bulked segregant analysis, but was an SNP marker developed for the beta amylase gene, which is known to be located near Ddw1. The amount of misclassification when selecting homozygotes for short straw based on the SNP marker was 15%. The SNP marker is, however, the fastest and easiest way to recognise homo- and heterozygotes for short straw.
Keywords: Ka; geenimerkit; kaksoishaploidi; lyhytkortisuus; merkkiavusteinen valinta; ruis; Secale cereale; kasvinjalostus; jalostusmenetelmät; geenikartat; markkerit; tähkäidäntä; sadon laatu; rye; Secale cereale; genetic maps; plant breeding; breeding methods; DNA markers; doubled haploid; linkage maps; marker-assisted selection; pre-harvest sprouting; short straw